Pour plus d’efficacité, le Centre Culturel Islamique de Franche-Comté mène un ensemble d’actions en partenariat avec d’autres associations culturelles musulmanes sur la ville de Besançon et sa région. Parmi elles, l’on peut citer :
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L’UOIF : Union des Organisations Islamiques de France
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EMF-Besançon : Etudiants Musulmans de France – section de Besançon
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IESH : Institut Européen des sciences humaines
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(CBSP) : Comité de bienfaisance et de secours aux palestiniens
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Le Secours Islamique – France (SIF)